A instituição foi criada pela Lei nº 3.215, de 19 de julho de 1957, denominada, inicialmente Escola de Iniciação Agrícola de Frederico Westphalen. Na época, foi vinculada à Superintendência do Ensino Agrícola e Veterinário do Ministério da Agricultura, conforme Diário Oficial de 23 de julho de 1957. Pelo Decreto nº 60.731, de 19 de maio de 1967, é transferido do Ministério da Agricultura para a Diretoria do Ensino Agrícola (DEA) do Ministério da Educação e Cultura. O estabelecimento abriu suas portas no dia 11 de abril de 1966 como Ginásio Agrícola, quando recebeu a primeira turma.

Foi incorporado à Universidade Federal de Santa Maria através do Decreto nº 62.178, de 25 de janeiro de 1968, transformando-se em Colégio Agrícola. Pelo Decreto nº 64.827, de 16 de julho de 1969, é estabelecido que a orientação Didático-Pedagógica seria exercida pela Universidade Federal de Santa Maria. Pelo Decreto Lei nº 627, de 13 de junho de 1969, o quadro de pessoal pertencente ao Ministério da Educação e Cultura, lotado no Colégio Agrícola de Frederico Westphalen é transferido para a Universidade Federal de Santa Maria.

O Colégio Agrícola de Frederico Westphalen, de 1966 a 1997 sempre ofereceu o ensino na área agrícola. Em decorrência de exigências da LDB, a partir de 1997, o nome do curso mudou de Curso Técnico em Agropecuária para Curso Técnico Agrícola com habilitação Plena em Agropecuária, conforme ata do Colegiado de nº 02/97, de 1º de abril de 1997, baseada na normativa 044/92 do Conselho Federal de Engenharia Arquitetura e Agronomia.

Em 03 de agosto de 1998, o Colégio Agrícola iniciou dois cursos novos: o Curso Técnico em Informática e o Curso Técnico Agrícola com Habilitação em Agroindústria. Os cursos foram aprovados pelas Portarias de nº 41 e 42, respectivamente, de 03 de agosto de 1998, publicada no Diário Oficial da União do dia 04 de agosto de 1998 e reconhecida pela Portaria nº 103 de 29/12/1999, processo 23000.017310 de 13/12/1999. O Curso Técnico em Informática foi reconhecido pela portaria de nº 4 de 12/01/2000 e processo nº 23000.017308/99. O Curso Técnico Agrícola com habilitação em Agroindústria foi reconhecido pela portaria de nº 102 de 29/12 1999 e processo de nº 23000.017310. Em 1996, com a nova LDB nº 9.394 de 20 de dezembro de 1996, decretada pelo Congresso Nacional e sancionada pelo presidente da República, novas bases para a Educação Nacional são estabelecidas. Nesse sentido o Colégio Agrícola passa a implantar a Reforma e separar o ensino Médio da Educação Profissional. A partir de 2000, se iniciou a Reforma da Educação Profissional e do Ensino Médio para atender a Legislação vigente.

Em agosto de 2002, iniciou-se o Curso Técnico em Química com Habilitação em Carnes e Derivados. A partir de 2003, após a implantação da reforma da Educação Profissional, os cursos sofreram alterações nos seus planos de curso sendo denominados da seguinte forma: Técnico em Agropecuária com Habilitação em Agricultura, Técnico em Agropecuária com Habilitação em Pecuária, Técnico em Agropecuária com Habilitação em Agroecologia, Técnico Agroindustrial na área profissional da Agropecuária, Técnico em Informática na área profissional da Informática. Em março de 2003 a instituição recebe a primeira turma do Curso de Técnico em Agropecuária com Habilitação em Agropecuária com funcionamento noturno e duração de 2 anos. Em 2007, foi implantado o PROEJA – Programa Nacional de Integração da Educação Profissional com a Educação Básica na modalidade de Educação de Jovens e Adultos – atendendo ao Decreto Federal nº 5.480 de 13 de julho de 2006.

Em agosto de 2009, o campus abre suas portas para as primeiras turmas dos Cursos Superiores. A partir de então a instituição passa a oferecer o Curso Superior em Tecnologia de Alimentos e o Curso Superior em Sistemas para Internet.

No ano de 2014, o conselho superior da UFSM aprovou a migração para a rede de institutos federais. A portaria nº 1.075, de 30 de dezembro de 2014 estabelece a transição do Colégio Agrícola Frederico Westphalen, vinculado à Universidade Federal de Santa Maria, para o Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia Farroupilha.

Com o objetivo de ampliar as ofertas do Campus, e oportunizar formação pública, gratuita e de qualidade, contribuindo para o desenvolvimento local e regional, no ano de 2016 inicia-se o curso de Bacharelado em Administração e no ano de 2018 iniciam-se os cursos de Bacharelado em Medicina Veterinária, Técnico em Administração Integrado ao Ensino Médio, e Técnico em Comércio Subsequente EaD. Em 2019 o curso de Tecnologia em Sistemas para Internet teve seu processo de extinção iniciado, dando vez à criação e início do funcionamento do curso de Bacharelado em Ciência da Computação e, neste mesmo ano também foi iniciado o curso de Licenciatura em Matemática. Em 2021 o Campus torna-se polo de oferta do curso de Formação Pedagógica de Professores para Educação Profissional EaD.

Atualmente, o IFFar Campus de Frederico Westphalen possui cinco cursos de graduação, três cursos técnicos integrados e um curso técnico subsequente em funcionamento, com todas as turmas integralizadas. Este cenário de consolidação das ofertas permite que ensino, pesquisa e extensão sejam uma realidade cotidiana.

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